1. 整体上创新能力弱，自主创新产品少，不具备参与国际研发竞争的能力97%以上药品是仿制外国的品种。创新能力弱，缺少具有自主知识产权的创新药物，缺少质量可控、疗效清楚的现代中药创新体系不健全，规范化、标准化程度较低，不具备全面参与国际新药研发竞争的能力，制约新药进入国际医药主流市场。

     2. 企业规模小，市场竞争力弱
     2004年我国医药产业销售总额为3254亿元人民币，仅相当于发达国家一个大的制药公司的规模；销售前20位医药企业总和580亿元人民币，不及国际第10位制药企业的年销售额；产品出口以原料药，甚至化工原料为主，经济附加值低，中药以原药材、初级产品、食品添加剂出口为主，技术附加值较高的新制剂、新剂型处于落后状态。
     3. 创新人才缺乏，队伍建设力度不够，从事技术消化和仿制工作的专业人员多，具有创新意识和创新能力的人才缺乏，创新思维活跃、通晓新药研究开发的全过程、能把握专，业领域发展方向的学科带头人，具有科技先导意识，熟悉专业和企业管理的复合型知识、了解国际医药行业和科技发展大趋势的企业家群体，具有战略思维、熟知国内外相应的政策和法律法规，对发展趋势具有前瞻性判断能力的高级管理人才 。
      4.药物创新研究投入不足
      新药研究以科研单位、大专院校为主，投资渠道单一，新药研究投入总量远不及一个跨国企业的投入，医药企业经济效益低下，缺少高投入能力 。