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保健食品新功能是指在国家药监局公布的，有助于增强免疫力、降低血脂、改善睡眠等保健功能范围以外的保健功能。征求意见稿明确，保健食品新功能的名称和评价方法应与现行保健功能有本质区别，新功能应具有科学的评价方法、判定标准和充分的科学依据，并被普遍接受；国家药监局鼓励以传统医学理论为指导的新功能产品的研发和申报。
征求意见稿规定，申报的保健食品新功能应由国家药监局确定的注册检验机构进行验证。在3年监测期内，该局对已批准的新功能产品的质量、功能进行监测，不再受理该功能其他产品注册申请，申请人不得申请产品技术转让。3年期满，符合要求的，国家药监局将该保健食品新功能纳入公布的保健功能范围。
